本发明实施例提供一种代谢组与其他组学联合分析方法及装置，方法包括：对代谢组的数据，以及除所述代谢组以外的一种或多种其他组学的数据进行多重协惯量分析，获取所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系；将存在关联关系的代谢组的数据和其他组学的数据作为一个数据对，对每个所述数据对进行相关性分析，根据每个所述数据对的相关性分析结果对所述数据对进行筛选；对筛选出的每个所述数据对进行限制性对应分析，根据每个所述数据对的限制性对应分析结果，确定最终保留的数据对，根据最终保留的数据对最终确定所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系。本发明实施例实现了代谢组与其他组学的联合分析，且分析结果更加精确。