本发明提供一种基于纳米孔测序检测基因组结构变异的方法，包括纳米孔测序数据质控并进行基因组mapping；挖掘within‑alignment reads和split reads信息；界定结构变异和分型；多样本数据变异类型整合。本发明方法能够检测突变体和野生型材料的变异、极端抗性材料间的变异、转基因事件检测与插入片段位置查找；还能够针对大样本量结果有机整合，并辅助变异位点的纠正；针对自然资源群体提供丰富的结构变异数据，进行后续GWAS分析；不仅能够检测常见的大片段的结构变异，在嵌合型变异的检测上也有很高的准确性和精确性；同时，针对分型的结构变异所在reads进行聚类，判定结构变异的纯合和杂合。