本实用新型涉及生物技术领域，提供一种空间转录组芯片，其包括：基底，基底形成多个矩形微孔区域，且在矩形微孔区域内部形成多个子矩形微孔区域，每个子矩形微孔区域内均布有多个微孔结构，微孔结构用于放置编码微球。本实用新型提供的一种空间转录组芯片，其在基底上构造有多个矩形微孔区域，每个矩形微孔区域内还形成多个子矩形微孔区域，每个子矩形微孔区域内均布有微孔结构，通过微孔结构提高空间转录组分辨率，实现高灵敏度的检测，满足科学家对亚细胞结构分析的需求；且可采用玻璃基底，利用刻蚀技术制作微孔结构，其制作工艺简单，降低耗材成本。