本发明实施例提供一种用于物种基因组学数据库的查询方法及系统。该方法包括：获取用户输入的查询指令；基于所述查询指令对物种基因组学数据库中的物种底层数据进行可视化操作，生成可视化操作指令；采用预设分析工具对所述可视化操作指令进行分析计算，得到数据分析结果；基于物种数据审核机制对所述数据分析结果进行权限审核，向所述用户反馈登录审核结果；基于所述登录审核结果，从所述物种基因组学数据库中提取可视化返回结果，以供所述用户进行操作管理。本发明实施例通过采用多个子系统规范数据的管理和分析方法，为物种基因组库的建立提供高效的数据分析、安全的数据审核验证、规范的数据管理方法。