本发明实施例提供一种基因组单倍体组装方法及装置，所述方法包括：获取参考基因组的SNP信息；分别采用PacBio数据和Hi‑C数据获取所述SNP信息的定相信息；根据所述定相信息获取全基因组的整合定相信息；根据所述整合定相信息区分所述PacBio数据的测序片段的单倍体来源，并分别进行基因组单倍体组装。所述装置执行上述方法。本发明实施例提供的基因组单倍体组装方法及装置，通过整合定相信息区分PacBio数据的测序片段的单倍体来源，并分别进行基因组单倍体组装，能够实现全基因组的单倍体组装，并提高组装出的基因组序列的精细程度。