本实用新型涉及生物技术领域，提供一种空间转录组生物芯片，包括：透明基底，透明基底通过光刻与刻蚀形成微孔区域，微孔区域内形成微孔结构，用于放置带引物的编码微球。本实用新型提供的一种空间转录组生物芯片，由于采用了透明基底，其可以进行HE染色、甲苯胺蓝染色与马松染色等的明场显微成像，结合基因表达结果与明场染色结果进行对比分析；另外本芯片的微孔结构分辨率高，能够实现亚细胞级别的空间转录组数据分析。