本发明涉及生物化学分析领域，公开了一种流控参比电极系统及应用其的生化分析方法。本发明中，参比液注入口与参比通道连通，待测液注入口与待测液通道连通，检测通道与出口连通，参比通道、待测液通道、检测通道交汇；参比通道连接准参比电极，检测通道连接测试电极。进行生化分析时，先注入参比液，待参比液注入结束之后，再注入待测试溶液，监测测试电极的电信号，并根据检测到的电信号分析待测试溶液的组成成分或浓度。通过通道内流动的参比液与准参比电极构成流控参比电极系统，使得本发明的参比电极可集成在检测系统中，具有电解质的添加简单，无需半透膜，易于维护，寿命长等优点。