本发明公开了一种用于捕获富集基因组的特定区域的分子反向探针的筛选方法。首先设计分子反向探针结构；从目标区域的5’端开始，挑选至少50％的扫描区域落在5’端的探针作为候选起始集合；对相邻每条探针的两两组合的打分，将满足条件的探针，依次与前一个已挑选探针组合，组成所有可能探针组合的集合，并对每个候选组合进行打分，对所有可能的组合进行分值的计算，得到其中得分最高或罚分最低的组合即可。适用于不同测序平台的linker结构，所得分子反向探针技术在准确度、便利性、检测灵敏度等方面获得显著提升，同时有效减少了覆盖目标区域，特别是大片段外显子区域所需的探针数量，方便快捷，节约成本。