本发明提供一种用于纸尿裤透气膜的凹版印刷无菌水性油墨及其制备方法和应用，所述凹版印刷无菌水性油墨包括聚醚型水性聚氨酯、聚氨酯丙烯酸酯共聚物、水性聚酰胺树脂液、改性聚乙烯蜡粉、纳米银溶液、颜料、去离子水和乙醇的组合，所述凹版印刷无菌水性油墨通过选择聚醚型水性聚氨酯搭配聚氨酯丙烯酸酯共聚物作为主要的成膜物质，并进一步搭配水性聚酰胺树脂液，使其具有复溶性好的优势，可长时间在高速凹版印刷机中使用，且印刷成膜后具有优异的耐生理盐水性能，同时与基材附着力较高，还具有抗菌、防霉等作用，适合在纸尿裤透气膜中使用。