一种细胞自动纯化冻存装置，本发明属于生物技术领域，它要解决目前在分离样本时手动操作步骤频繁，易导致细胞污染、细胞易被损伤而影响生物学效果等缺陷。该细胞自动纯化冻存装置包括纯化冻存箱、液袋架、截止阀、蠕动泵、混悬分离装置和推注装置，纯化冻存箱的左侧为电控纯化区，纯化冻存箱的右侧为冻存区，电控纯化区的中部箱壁上设置有多个蠕动泵和一个混悬分离装置，电控纯化区的下部设置有推注装置，在液袋架上挂设有细胞存储袋，细胞存储袋的底部连接的输注管经截止阀夹载在蠕动泵内，冻存区的箱体内预混匀平台上放置有冻存袋和热合装置。本发明细胞自动纯化冻存装置实现了多功能自动化，提高操作精确性和减少生物性污染风险。