本实用新型公开了一种磁分离器，属于生物技术领域。所述磁分离器，适用于分离或纯化生物分子，所述磁分离器包括：磁体、带有腔体的壳体和两个支板，腔体的截面形状呈十字形，空腔包括相互垂直布置的第一腔体和第二腔体，两个支板平行布置在壳体的相对的两侧且两个支板与第一腔体平行，两个支板上分别设置有多个通孔，磁体活动设置于第一腔体或第二腔体内，使得当磁体位于第一腔体内时，磁体提供的磁场方向与两个支板垂直，当磁体位于第二腔体时，磁体提供的磁场方向与两个所述支板平行。本实用新型提供的磁分离器能够提供两个方向的磁场，使磁珠既能够吸附在离心管的管壁又能够吸附在离心管的管底，进而提高了磁分离器的利用率。