本发明公开了一种实现低氨氮废水短程硝化‑厌氧氨氧化脱氮稳定运行的系统及方法。该系统包括：低氨氮废水进水装置、连续流A/O装置、连续流一体式短程硝化‑厌氧氨氧化脱氮装置和旁侧联胺抑制NOB装置。该方法包括如下步骤：所述装置接种厌氧氨氧化生物膜填料和短程硝化絮体污泥，污水进入连续流A/O装置，出水进入连续流一体式短程硝化‑厌氧氨氧化脱氮装置，需要启动旁侧联胺抑制NOB装置时，将絮体污泥排放到旁侧联胺抑制NOB池，并滴加液碱和联胺类溶液，絮体污泥中的NOB被抑制；低温时，利用联胺类溶液提高厌氧氨氧化菌活性。经上述处理后，出水水质均达到一级A排放标准，并且装置可稳定维持运行200天以上。