本发明公开了一种蓝藻治理用环保制剂及其制备方法，涉及环保技术领域，一种蓝藻治理用环保制剂，所述制剂为微胶囊颗粒，所述微胶囊是以聚乙二醇、海藻酸钠和壳聚糖的复合物为囊皮，改性蒙脱土为囊芯，且在所述囊芯和囊皮之间填充有溶藻菌层，所述改性蒙脱土是将蒙脱土经过活化后，以没食子酸和盐酸多巴胺为改性剂接枝改性而得。本发明的一种蓝藻治理用环保制剂及其制备方法，以生物、化学和物理防治方式相结合的方式，能够有效降低水体中蓝藻数量，减少水体富营养化，提高水体透光性能，达到良好的治理效果。