本发明涉及生态工程技术领域，尤其是涉及一种河道内水体净化系统。所述河道内水体净化系统，包括：用于设置在河道内的蓄水区、净化池和倒虹吸管道；所述蓄水区用于抬高水位以高于所述蓄水区的下游的水位；所述净化池和所述倒虹吸管道均设置在所述蓄水区的下游，且所述净化池和所述倒虹吸管道均与所述蓄水区连通；在河道的深度方向上，所述净化池位于所述倒虹吸管道的上方。本发明提供的河道内水体净化系统，本发明提供的河道内水体净化系统，既能够实现在河内对水体进行显著净化，又能够保障行洪能力。