本发明属于工业污水处理技术领域，具体公开了一种可提高制药废水处理工艺中厌氧反应器处理效率的方法及装置，它包括以下两个系统。1、微生物驯化系统：对厌氧反应器中的微生物进行驯化培养，将驯化后的微生物打入至厌氧反应器。2、沼气除杂、利用系统：沼气依次经过脱CO2和H2S、脱水、沼气储罐；部分沼气通过增压风机送进锅炉燃烧；另一部分沼气与厌氧回流泵出水混合，进入厌氧反应器，达到气液混合搅拌和降低厌氧体系中CO2浓度目的。本发明方法通过微生物驯化系统和沼气除杂、利用系统与厌氧反应器联用，使得厌氧反应器COD去除率提升10%左右和产甲烷量提高15%左右，大幅增加了厌氧反应器的处理效率，为后续工段提供有利条件。