本申请提供一种工程源码动态自适应不同硬件资源的方法及系统，基于Xilinx SDK，通过修改Xilinx SDK的配置，修改并添加MAKEFILE文件，利用脚本文件在程序编译前自动识别需要编译的工程源码等步骤，使同一份工程源码自适应不同的硬件资源，自适应不同的BSP，实现了不同硬件资源的产品在软件开发源码上保持一致，使软件工程师对单一产品源码开发能第一时间应用到其他产品，提高了软件开发效率及产品的维护效率，也根本解决了不同产品之间源码移植容易出现差错的问题。