本发明提供一种基于PLC的动态密码保护系统和方法，基于PLC的动态密码保护系统包括：加密模块和解密模块，其中，加密模块具有：钥匙码加密子模块；替换加码子模块；以及矩阵变化加密子模块，输入信息为动态码，序列号，允许使用时间，以上三个部分经过处理后都变成a位数据，组成3行a列矩阵做为输入，将3行a列矩阵一共3a位数据做为加密结果输出，解密模块，相对于加密的过程逆向运行，对加密后的数据进行解密。本发明提供一种基于PLC的动态密码保护系统和方法，由于使用动态密码进行加密解密，这样可以将密码告知用户，让用户自行解锁，由于每次密码都是不同的，所以不用担心密码泄露以及用户重复使用密码。