本发明涉及混合装置技术领域，具体涉及基于分层加料的清洁饲料混合装置及其使用方法。本发明提供基于分层加料的清洁饲料混合装置，包括：混合箱；分层加料组件，所述分层加料组件包括转动设置在混合箱顶壁的旋转柱。本装置通过旋转柱的转动设置，加料槽一具有上下连通的直槽段和斜槽段，饲料成分可依次通过直槽段与斜槽段流出，并且深浅不一的直槽使通过旋转柱流出的饲料成分高度不一，实现分层加料，同时因旋转柱处于旋转环境，在下落后会再次进行混合，因旋转柱径向上的搅拌强度逐渐减弱，靠近旋转柱轴线处的搅拌强度最强，饲料成分通过加料槽二的流出量在加料槽二轴线方向上依次减少，提高混合效率。