本发明涉及微生物技术领域，公开了一种清洁饲料微生物发酵装置及发酵方法，该装置包括发酵罐，所述发酵罐的底端设有排出管，所述排出管的内部设有第一电磁阀，所述发酵罐的外侧设有加料管。本发明可对内部的发酵原料进行收集，且在收集发酵原料时能实现对不同高度，同一个高度内不同位置的发酵原料进行收集，使得能更全面的收集发酵原料，进而使得最终检测的结果更为全面准确，且通过对搅拌杆的收起，使得在收集发酵原料时，搅拌杆不会对发酵原料进行混合，从而使得不同位置的收集瓶能收集到对应位置的发酵原料，从而使得最终收集的发酵原料能更加全面，使得检测的结果更加全面准确。