本发明公开了一种便携式奶牛毛囊清洗采样装置，包括可伸缩手柄、清洗液盒、清洗组件、清洗驱动组件、取样驱动组件以及取样夹持组件；清洗液盒与可伸缩手柄的远端连接；清洗组件设置于清洗液盒下方，以接收容纳腔室内的清洗液；清洗驱动组件与中空轴连接，用于驱动清洗组件旋转；取样驱动组件嵌设于清洗组件轴心位置；以及取样夹持组件可拆卸装设于取样驱动组件底部，其包括外取样筒、设置于外取样筒顶端的夹持口以及设置于外取样筒内的内取样筒。本发明的便携式奶牛毛囊清洗采样装置，可轻松、快捷的将清洗后的牛毛拔出，拔出效率高，且不会造成毛囊污染，省时省力，提高了取样效率。