本发明提供一种于虚拟环境中的软件保护系统，用以保护位于虚拟环境中的软件。软件保护系统包括：撷取模块、处理模块、钥匙编号库、接收模块、比对模块及运行模块。撷取模块为当软件激活时，取得软件于虚拟环境中相应的虚拟IP以及路由器IP。处理模块用以将撷取模块取得的虚拟IP及路由器IP组合为锁头编号。钥匙编号库存储有复数组钥匙编号。接收模块用于接收由处理模块产生的锁头编号，且加载钥匙编号库中的复数组钥匙编号。比对模块用于比对接收模块接收的锁头编号以及加载的复数组钥匙编号，并依据锁头编号于复数组钥匙编号中，取得对应的钥匙编号。运行模块将比对模块取得的钥匙编号与预设钥匙进行比对，决定使软件运行与否。