本发明提供了一种数字病理图像质量评价系统，其特征在于，包括：数字病理图像预处理模块；污迹检测模块；扫描质量评估模块；评分模块，计算最终有效区域，同时汇集数字病理图像预处理模块、污迹检测模块及扫描质量评估模块给出的各分项检测评分给出病理图质量整体评价。本发明提出了一种数字病理图像质量评价系统，对常规采集的医学病理图像进行统一质量评价，有效去除数字病理图像中无用信息，使医生更专注于有效的病理组织结构，为基于医学病理图像的学术研究提供了可靠的数据保障。