本发明提供了一种医疗隐私数据交换文件生成方法。本发明提供的方法，有利于内外网环境下的医疗隐私数据交换，保证了网络安全性，降低了系统维护成本。本发明方法中数据格式文件数据表定义和映射，有利于异构数据库之间的格式转换，有利于不同表名和不同字段名之间的转换，有利于异构系统间的数据交换，有利于对隐私字段的标记和识别。本发明采用数据格式文件分割、大字段文件独立存出、自包含校验、隐私字段标记的方法，能兼容大规模数据量的采集和交换，能够保证数据的可靠性，避免数据因网络传输而导致的错误，从而保证为业务处理提供正确的数据。