本发明涉及一种葡萄糖基甜菊糖苷分离纯化的方法，其特征在于：1）上一工段生成的物料，通过离子交换树脂去除物料中阳离子；2）物料以0.5‑1 m3/hr的速度泵入模拟移动床，控制温度25‑40℃,时间1‑2.5h；3）根据入料速度计算总时间，按照1:3:1的时间段进分段截取相应物料，控制入料速度0.3‑2m3/h，温度20‑35℃,进料时间0.5‑3h；4）将30‑90分钟所得物料泵入单效浓缩器，控制压力‑0.6~‑0.9Mpa，温度为45℃‑60℃，浓缩至糖浓度50%以上，浓缩后的物料过滤后送入浓缩糖液槽，进行喷雾干燥。本发明优点：将原水洗、醇解、脱醇三步变为一步分离，将间歇式生产变为连续生产，节约大量能耗，增加资源利用率，减少环境污染。