本发明公开了一种促进体内塑化剂及重金属排出的益生菌益生元复合组合物及其制备方法，该复合组合物包括益生菌和益生元；所述益生菌包括：植物乳杆菌、罗伊氏乳杆菌和两双歧杆菌；所述益生元包括：菊粉、水苏糖和低聚果糖。该复合组合物能够显著降低血清中DEHP和MEHP、DBP和MBP含量，以及脑中铅以及血清中镉的含量，并促进塑化剂和重金属的排出，从而可以预防和缓解因塑化剂和重金属造成的机体损伤。且该复合组合物安全性强，具有极好的应用价值。