本发明公开了一种异蜂育种箱及其育种方法，所述异蜂育种箱包括方形箱、箱盖，所述方形箱的顶部设有箱盖，所述箱盖的底部安装有电池盒和电池组，所述箱盖上设有蜜蜂进出孔和旋转盖板，所述方形箱内从下至上依次设有育种单元、隔离单元、饲喂单元，所述育种单元设有异蜂王巢，所述异蜂王巢内装有异蜂幼虫，所述异蜂王巢的外周依次由里向外设有第一环形槽和第二环形槽，第一环形槽内装有混合蜂蜡，所述第二环形槽中装有本土蜂蜜脾。本发明还同时提供了一种异蜂育种的方法。本发明不但减少了对蜂王幼虫的损伤，而且提高了移王的成功率。