本实用新型公开了一种益生菌制剂、菌种筛选装置，包括益生菌制剂筛选罐、旋转架和打磨架，所述益生菌制剂筛选罐包括罐体、激振器和弹性支架，所述激振器固定安装于罐体底面，所述弹性支架环形等距阵列于罐体底面；所述旋转架包括两组旋转气缸和固定安装于旋转气缸之间的托板，两组旋转气缸对称安装于罐体内壁两侧，所述托架上表面环形等距阵列有益生菌制剂托盘，所述罐体内位于旋转架下方滑动插接有筛板，所述打磨架包括支撑板和固定安装于支撑板上表面的调节杆，在罐体内进行益生菌制剂打磨，去除粘黏，保证益生菌制剂的品质；利用托盘和筛板对益生菌制剂的部分碎裂以及完全粉碎的情况进行筛分，提高生产效率，避免人工分拣产生的二次污染。