本发明公开了一种水性高耐候清水混凝土保护涂层体系及其制备方法，属于建筑材料技术领域。保护涂层体系为水性环氧树脂固化涂层、水性氟碳树脂固化涂层、含色浆的水性氟碳树脂固化涂层以及高氟含量的水性氟碳树脂固化涂层的复合涂层体系。该保护涂层体系施工过程简单、绿色环保，且具有粘接力强、耐腐蚀性好、耐候性好、使用寿命长等优异性能，既能保留清水混凝土的本质美感，又能提供超强耐候性、超强粘接力、长久使用不起皮不脱落的防护效果，进而延长了混凝土结构的使用寿命，适用于各种清水混凝土建筑的长效保护。