本实用新型涉及实验用具技术领域，尤其是一种色谱样品瓶清洁装置，包括清洁箱及瓶架，所述清洁箱通过隔板分为上下方向的清洁腔及放置腔，所述清洁箱一面设有与所述清洁腔连通的箱口，所述放置腔内设有超声波换能器；所述清洁腔的两侧分别设有滑轨，且所述滑轨通过所述箱口延伸至所述清洁腔外，所述瓶架设于两所述滑轨之间，且所述瓶架通过第一电机驱动，以使所述瓶架能够沿着所述滑轨移动，且所述瓶架通过所述箱口移动至所述清洁腔内。本实用新型的一种色谱样品瓶清洁装置，能够批量对样品瓶的内、外壁进行有效清洗，提高样品瓶的清洗质量和清洗效率。