本实用新型公开了一种真空分囊装置及其胶囊填充机，真空分囊装置包括：上模具和设置在上模具下方的下模具；吸气座，可上下活动地设在下模具的下方，吸气座具有与下模具抵接和远离下模具的两个状态，吸气座的上端面设有吸气孔；负压装置用于为各吸气孔提供吸力；软垫层设在吸气座和下模具之间，软垫层上设有与吸气孔分别对应的通孔，吸气座与下模具抵接时，软垫层的上下两侧面均被挤压，以使吸气座与下模具紧密贴合。通过在吸气座和下模具之间设软垫层，可有效避免吸气座与下模具的硬接触磨损，同时利用软垫层的弹力消除接触面轻微的不水平及填充过程残留的药粉造成吸气座与下模具贴合不紧密的问题，保证了设备连续运行效果、延长设备使用寿命。