本发明公开了一种耐植物根系穿透的防水卷材的制备方法，涉及建筑防水领域，包括以下步骤：S1、选取玻纤布作为玻纤层，在玻纤层的两侧均涂覆沥青涂料，在沥青涂料上放置防水膜，沥青涂料将防水膜和玻纤层粘结到一起，沥青涂料干燥固化后形成沥青层；S2、在一防水膜外部涂覆有改性沥青涂料，然后在改性沥青涂料上放置阻隔层，改性沥青涂料将阻隔层和防水膜连接在一起，改性沥青涂料经干燥后固化为改性沥青层，制得卷材；S3、将S2制得的卷材压延成型，制得防水卷材。