本公开涉及一种三相无刷直流电机的控制系统及其控制方法，控制系统包括处理芯片，处理芯片包括处理系统和可编程逻辑，处理系统与可编程逻辑之间通过高速通讯接口连接；信号采集芯片采集三相无刷直流电机的设定电信号；可编程逻辑产生第一中断并根据第一中断将设定电信号传输至处理系统，以及产生第二中断；处理系统根据第二中断对设定电信号进行设定算法以生成脉冲宽度调制信号至可编程逻辑；可编程逻辑解析脉冲宽度调制信号；驱动芯片根据解析后的脉冲宽度调制信号控制三相无刷直流电机。通过本公开的技术方案，有利于实现控制系统的功能扩展和多种功能的集成，使得三相无刷直流电机的控制系统具有更好的兼容性和更高的集成度。