本实用新型涉及小口径玻璃器皿清洗装置，包括清洗座和小口径玻璃器皿装配盒，所述小口径玻璃器皿装配盒扣盖于清洗座上；所述小口径玻璃器皿装配盒由异体同构设置且相互扣合呈一体的上壳体和下壳体组成，扣合呈一体的上、下壳体上形成多个均匀排列用于容纳固定小口径玻璃器皿且每个小口径玻璃器皿瓶口均向下放置的装配腔，下壳体上设有便于每个装配腔内小口径玻璃器皿的瓶口伸出的通孔；所述清洗座包括底板、密封圈和顶板，所述顶板扣盖于底板上且周圈外围由密封圈密封固定形成一中空的空腔，底板中部下侧设有与空腔连通的流体进口，所述底板与顶板之间均匀排列的安装有多个与空腔连通并且顶端伸出顶板分别伸入小口径玻璃器皿装配盒上每个小口径玻璃器皿的喷管嘴。