本发明公开了一种亚群特异共表达网络鉴定方法。本发明提供了一种待测样本亚群特异共表达网络鉴定方法，包括如下步骤：1）将待测样本亚群中每个样本的各个基因原始UMI数量数值均一化处理；2）将原始UMI均一化结果过滤，3）计算过滤后基因的两两加权中值相关bicor；4）将加权中值相关结果过滤，得到强共表达基因关系对；5）将所述待测细胞亚群过滤后的强共表达基因关系对，减掉在该亚群中所有细胞中均出现共有的强共表达的基因关系对，即得到该细胞亚群特异的共表达基因对；再用所述该细胞亚群特异的共表达基因对构建出待测样本亚群特异基因共表达网络。本发明针对亚群的方法更有针对性，更为灵敏。