本发明公开了一种防止交叉感染的电梯刷卡系统，包括厢体和设置在其上端的第一通气口和设置在其下端的第二通气口，所述第一通气口和第二通气口与外界换气通道连通，所述厢体内壁设有一个凹槽，所述凹槽内部配合设有一个键盘区，所述键盘区上分布有若干个控制钮以及用于刷卡的刷卡区，所述键盘区上还设有用于获取用户脸部信息以实现身份认证的脸部识别区，所述厢体内壁还设有用于对厢体内壁进行清理的清理部件，本申请针对现有装置的弊端进行设计，通过升降板升降对厢体内壁和底部进行消毒杀菌处理，并且在内壁消毒时，底部消毒不触发，避免出现浪费的问题，本申请中通过设置视频认证模块，降低了刷卡的次数，进一步降低了交叉感染的风险。