本发明提供了一种样本分析系统及其节能控制方法，其中控制方法包括：选择至少一台样本分析仪处于节能状态，其余样本分析仪处于测试状态；处于节能状态的样本分析仪对应的传输轨道将样本架传输至处于测试状态的样本分析仪对应的传输轨道，样本架上放置有样本的样本容器；处于测试状态的样本分析仪对应的装载机构将样本架运送到样本分析仪的采样区域进行采样分析；或，处于节能状态的样本分析仪对应的传输轨道将采样分析后的样本架运送至集中回收区域。本发明样本分析系统节能控制方法提供了一种节能模式，使样本分析系统的流水线仍处于正常工作状态；而进入节能状态的样本分析仪有效的降低了试剂和电能损耗。