本发明具体涉及一种参考物质位置分配方法及样本分析系统，本发明提供的参考物质位置分配方法，包括：获取预设的待分配位置的参考物质的信息，待分配位置的参考物质的信息包括参考物质的类型；接收为待分配位置的参考物质分配位置的指令；根据参考物质的类型为待分配位置的参考物质选择相应类型的试管架；获取与待分配位置的参考物质类型对应的试管架上试管位的占用信息，占用信息包括：被占用和空闲；为每个待分配位置的参考物质分配空闲的试管位，建立参考物质与试管位的位置信息的对应关系，位置信息包括：试管架标识和试管位编号；本发明提供的参考物质位置分配方法能够自动为参考物质分配位置，无须人工手动分配位置，操作简便，使用方便。