本实用新型公开了一种微生物过滤装置，包括过滤箱，过滤箱的上端设置有密封盖，密封盖上设置有进液口，过滤箱的下端设置有出液口，过滤箱的内部上端倾斜设置有第一过滤网，第一过滤网的下侧倾斜设置有第二过滤网，第一过滤网和第二过滤网可拆卸的设置在过滤箱中，第一过滤网和第二过滤网的下端设置有用于收集微生物的收集口；第一过滤网和第二过滤网倾斜设置，这样增大了过滤面积，提高了过滤效率，而双层过滤设置，能够将培养液中的微生物过滤彻底，从而很好的满足了使用要求，而且结构简单，使用方便。