本实用新型公开了一种微生物分离装置，包括外壳、第一过滤桶、第二过滤桶和第三过滤桶，第一过滤桶设置在第二过滤桶内，第二过滤桶设置在第三过滤桶内，第一过滤桶、第二过滤桶和第三过滤桶同轴线设置，第一过滤桶、第二过滤桶和第三过滤桶的下端轴线位置设置有转轴，转轴中空设置，中空的转轴上设置有分别第一过滤桶、第二过滤桶和第三过滤桶的通道，转轴位于外壳以外的一端设置有第一转轮，第一转轮通过传动件与第二转轮连接；在离心力的作用下对微生物进行分离，不但进行了多级分离，而且分离效果好，分离效率快，而且开口在下面设置，方便了分离的微生物进行收集。