本实用新型公开了一种微生物采样装置，包括容器，容器的上端开口设置，容器的开口位置设置有密封盖，密封盖上设置有抽气管和进液管，抽气管位于密封盖外侧的一端设置有三通管，三通管的第一管路与抽气管连接，第二管路通过连接管与气囊连接，第三管路与外界连通，三通管的第一管路和第三管路上分别设置有单向阀，进液管位于密封盖内的一端与延伸管的一端连接，延伸管的另一端延伸到容器底部，进液管位于密封盖外的一端与采集管连接；通过按压气囊和单向阀的配合工作，使容器中产生负压，这样就可以将培养装置中的样品采集出来，采集完成后，将采集管密封，这样在运输过程中就不会接触到空气，从而不会影响后期的观察工作。