本发明提供一种PCB设计的处理方法及系统，其中方法包括：接收键值，不同的键值对应不同的基础叠层；根据键值在基础叠层中确定需要进行目标操作的目标叠层，并确定目标叠层所对应的目标叠层名称；将目标叠层名称与快捷键文本文件中的叠层脚本进行匹配，直至目标叠层名称与一个脚本叠层名称匹配成功，则通过执行与匹配成功的脚本叠层名称相应的叠层脚本；目标叠层名称采用多种叠层命名方式中的一种进行命名，快捷键文本文件包括多组叠层脚本，每组叠层脚本分别对应一个基础叠层，每组叠层脚本包括多个脚本叠层名称，多个脚本叠层名称分别采用不同的叠层命名方式进行命名。本发明能够提高PCB设计软件在对PCB进行目标操作过程中的兼容性。