本实用新型公开了一种光合细菌发酵装置，包括底座，所述底座的顶端固定连接有发酵室，且发酵室的内壁固定连接有杀菌灯，所述发酵室的内壁固定连接有过滤板，且发酵室的内壁固定连接有温度控制器，所述底座的表面固定连接有伺服电机，且伺服电机通过传动轴嵌合连接有搅拌辊，所述底座的表面安装有开关机构，且开关机构的内部包括有滑槽，所述滑槽开设在底座的表面，且滑槽的表面连接有滑块，所述滑块的顶端固定有立板。本实用新型中，通过设置的杀菌灯和过滤板，能够将培养液中的杂菌进行清除，再通过过滤板的过滤，提高光合细菌的纯度，通过设置的温度控制器，使得该装置能够控制发酵室内部的温度，避免降低培养细菌的效率。