本发明公开了一种发酵茯苓酸代用茶的制备方法，以赤小豆为培养基原料，接种筛选扩培所得的茯苓菌丝体，培养发酵后烘干、粉碎，然后添加中药材进行配伍，即得发酵茯苓酸代用茶；所用中药材包括薏苡仁、陈皮、桑叶、人参、红枣、荷叶、金银花、藿香和薄荷。本发明用赤小豆作为茯苓发酵的培养基，制备的发酵产品，不同于传统种植茯苓，具有浓郁的发酵酸味，直接冲泡既能获得良好的口感，配合其它中药材使用，具有祛湿抗癌，增强人体免疫力的功效。这一微生态发酵茯苓酸茶工艺为市场上所没有的，为提高茯苓产品对人体吸收利用提供了新的途径。