本实用新型公开了一种智能层流车输送系统，包括灭菌柜、灌装室和层流车，还包括托盘，托盘装载灭菌桶，层流车在灭菌柜和灌装室之间输送托盘；层流车包括运动单元、车门、车罩、滤风组件和托架；运动单元设置在层流车底部并采用AGV按照预设轨道在灭菌柜和灌装室之间运动行走；滤风组件设置在层流车顶部向车罩内输送高阶过滤的洁净新风；车罩的一侧壁开口处设置用于进出物料的车门；托架设置在车罩内部，托架用于承载托盘；托架上设置有送料机构，送料机构辅助完成层流车与灭菌柜和层流车与灌装室的输送辊架之间的托盘的装卸作业。本实用新型采用自动化技术，避免人工参与运输和搬运，实现该环节无人化操作，避免了洁净空间被人工污染的风险。