本发明公开了一种在线浮游微生物检测仪，它包括采样系统：将检测空气样本抽入本检测仪中；光学传感器：对检测空气样本中浮游微生物进行数目检测并产生数据信号，并将数据信号传输给信号处理系统；信号处理系统：对检测出来的数据信号进行数据处理并产生数据信息；控制系统：控制本检测仪器的运行并将数据信息存储、调阅和打印。本发明一改传统的生物培养法检测的手段，提供一种利用光学原理检测的新型检测装置，提供了一种新的检测微生物特别是空气中浮游微生物的方法，具有突出的特点和显著的进步，具有很高的价值。