本发明公开了一种多联次电子发票的开具方法及系统，所述方法包括：接收用户开票申请，获取开票申请信息；调用预先设置好的多联发票原始文件；将所述开票申请信息写入所述多联发票原始文件中的每一联，调用开票方的签名，获得四个不同联次的发票版式文件；所述方法及系统通过预先设置的具有关联关系的多个电子联的版式文件，实现多联发票的生成和开具；所述方法及系统通过唯一识别编号以及各联次类型的副编号，实现全网管理的版本统一，便于多联发票的高效管理，并提高了电子发票的伪造难度。所述方法及系统将多联次发票应用于电子发票，有利于丰富发票使用场景，便于用户使用。