本发明涉及瓶坯输送技术领域，公开了一种瓶坯输送系统，包括依次连接的传送单元、中间仓和理胚器，传送单元的输入端与注塑机连接，理胚器的末端与吹瓶机连接；传送单元包括强冷输送段和自然冷却输送段，强冷输送段和自然冷却输送段均包含带动瓶胚输送的传送链，强冷输送段上设有供风单元；理胚器包括分拣对辊、瓶坯排出单元和供给输送单元，分拣对辊包括两个对向旋转的滚轮，瓶坯排出单元包括一级清胚部件、二级清胚部件和三级清胚部件。本发明结构简单，并从生产、冷却、理胚、剔除、回传和最终输送全部实现自动化，中途无需人工操作，极大地提高了生产效率。