本申请提供一种燃料电池动力系统功率自适应的控制方法及系统，包括：利用燃料电池子系统实时监测设备或车辆需求功率，通过计算得到功率输出需求均值，根据功率输出需求值确定当前时刻设备或车辆的状态类型；利用所述电池的剩余容量、燃料电池子系统中电堆加载特性及当前时刻设备或车辆的状态类型对系统功率输出需求值进行修正，得到燃料电池子系统的实际输出功率值；将所述实际功率输出值发送至燃料电池子系统产生电能。本申请通过实时监测动力电池子系统中电池SOC和燃料电池子系统功率需求值，计算确定燃料电池子系统功率输出需求值并进行修正，得到实际输出功率，保证动力电池子系统中电池SOC稳定性，提高了燃料电池子系统中电堆的耐久性。