本申请提供一种燃料电池系统空气入堆湿度的控制方法及系统，包括：在燃料电池系统的增湿器的入口与燃料电池电堆的入口之间设置旁路管道；通过燃料电池系统空压机进行空压机出口干空气质量流量分配，确定增湿器入口的干空气质量流量和旁路管道入口的干空气质量流量；根据增湿器入口的干空气质量流量和旁路管道入口的干空气质量流量计算燃料电池电堆实际空气入堆湿度；将燃料电池电堆实际空气入堆湿度与预设湿度进行比较，调节所述空压机出口干空气质量流量和压力使燃料电池电堆实际空气入堆湿度达到预设湿度。本申请通过调整空压机的转速和压缩比，使燃料电池电堆实际入堆湿度与预设湿度相同，实现对入堆湿度的精准控制。