本发明公开了一种燃料电池发动机空压控制系统及方法，包括空气供给模块和压力控制模块，空气供给模块包括依次相连的空压机、加湿器、燃料电池电堆、背压阀和汽水分离器，压力控制模块包括依次串接的压力传感器、信号采样电路、滤波电路、模/数转换电路和控制器，压力传感器为电流型传感器，设于燃料电池电堆的空气入口处，压力传感器采集的电流信号依次经过信号采样电路、滤波电路和模/数转换电路后传输至控制器处理，控制器分别与空压机和背压阀通讯连接。通过对空压机转速和背压阀开度的联合调节，及背压阀的PID闭环控制，使得燃料电池电堆入口处压力值与系统所需压力设定值偏差减小，进而使的系统运行更加稳定。